В июне 2009 г. Центр научно-инновационной и информационно-аналитической деятельности реорганизован в Научно-инновационный учебный центр (НИУЦ).
В целях координации и развития инновационной деятельности в регионе университет активно сотрудничает с органами исполнительной и законодательной власти. Научная и инновационная деятельность университета осуществляется в соответствии с приоритетными направлениями науки, технологий и техники, концепцией развития университета, перспективным планом подготовки научных и научно-педагогических кадров. Фундаментальные, прикладные исследования и разработки выполняются коллективами научно-исследовательских лабораторий, 41 научной школой и научным направлением. Проводятся комплексные научные исследования в области земледелия, растениеводства, животноводства, ветеринарной медицины, механизации и электрификации производственных процессов, экономики и финансового обеспечения сельского хозяйства и перерабатывающей промышленности. Ученые и сотрудники Ставропольского ГАУ ежегодно выполняют научные исследования и разработки по федеральным и ведомственным целевым программам, грантам отечественных и зарубежных фондов, международным программам. НИУЦ Ставропольского ГАУ организует участие университета в конкурсных программах Фонда содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере по поддержке инновационных проектов и научных разработок. Молодые ученые, аспиранты и студенты университета с 2007 г. принимают активное участие в программе «У.М.Н.И.К.». Всего в течение 2006–2016 гг. Фондом содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере были поддержаны 105 инновационных проектов молодых ученых университета.
В структуре Научно-иннова¬ционного учебного центра работает отдел охраны интеллектуальной собственности (патентный отдел). Научная новизна исследовательской деятельности преподавателей, сотрудников, молодых учёных и студентов университета ежегодно подтверждаются охранными документами на интеллектуальную собственность. В патентно-изобретательской деятельности принимают участие ученые всех факультетов.
Сотрудниками университета за 2016 год было получено 41 охранный документ на изобретения и полезные модели и 67 свидетельств на программы для ЭВМ выданных Федеральной службой по интеллектуальной собственности. За 2015-2016 гг. было получено 6 евразийских патентов, которые действуют 9 странах мира: Туркменистан, Республика Беларусь, Республика Таджикистан, Республика Казахстан, Азербайджанская Республика, Кыргызская Республика, Республика Молдова, Республика Армения, Российская Федерация.
Важным направлением обмена новейшей научной информацией является участие вуза в выставках, конгрессах и салонах. Так в 2016 году ученые университета представили свои экспонаты на 773 мероприятиях различного уровня. В них приняли участие около 3700 человек. Научно-инновационные раз-работки университета по итогам участия в выставках, конгрессах и салонах были отмечены 454 наградами (дипломами и медалями), в т.ч. 152 медалями.
Профессорско-преподавательский состав, аспиранты и сотрудники университета в 2016 году, приняли активное участие более чем в 2615 научно-технических и научно-методических конференциях различного уровня, в том числе в 1360 международных, 544 всероссийских, 437 региональных, 274 вузовских.
В 2016 году число студентов, участвовавших в конкурсах, олимпиадах и получивших награды составило соответственно 332 и 241 человек, среди них: 60 И 20 международных, 145 И 39 всероссийских, 62 И 54 региональных, 65 И 128 вузовская.
Молодые ученые университета активно участвуют в конкурсах и олимпиадах. Главным отраслевым мероприятием является Всероссийский конкурс на лучшую научную работу среди студентов, аспирантов и молодых ученых вузов, проводимый Министерством сельского хозяйства Российской Федерации. По итогам конкурса в 2016 г. его победителями стали 7 молодых ученых университета.
Молодые ученые университета активно участвуют и в мероприятиях Молодежного союза экономистов и финансистов. В 2016 г. 63 работы стали победителями и призерами. В последние годы конкурсы стали неотъемлемой составляющей различных конференций. Так, ежегодная университетская научно-практическая студенческая конференция «Молодые аграрии Ставрополья» была аккредитована Фондом содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере по программе «У.М.Н.И.К.». Одна из активных форм вов-лечения студентов в НИР в университете – их участие в научных международных, всероссийских, региональных конференциях. Так наши студенты принимают активное участие в интеллектуальной игре «Начинающий фермер» организованной общероссийской молодежной общественной организацией «Российский союз сельской молодежи» и неоднократно занимали первые места.