В 1999 году вуз возглавил В.И. Трухачев, и именно его приход вуз получил импульс к продвижению по пути к Совершенству.
В этот период СтГАУ находился в состоянии кризиса: упадок материально-технической базы, старение профессиональных кадров, значительный недостаток финансовых средств даже для выплаты заработной платы сотрудникам, и, как следствие, высокая текучесть кадров. Такая ситуация – характерное явление для системы высшего образования в этот исторический период развития России, которая находилась в состоянии политического и экономического кризиса.
Очевидно, что для преодоления этих вызовов, требовались неординарные подходы и люди, готовые воплощать эти подходы в жизнь, уверенные в собственных силах. Именно эти качества настоящего лидера проявил новый ректор, В.И. Трухачев, выстраивая систему управления вузом в соответствии с одной из фундаментальных концепций – Лидерское управление с видением, вдохновением и честностью.
Реализация основных подходов в рамках лидерского управления уже в течение следующих 5-ти лет позволила перестроить структуру управления вузом, реконструировать ряд процессов – образовательный, научно-исследовательский, процесс управления персоналом.
В соответствии с этим ежегодно вносились изменения в Концепцию развития вуза, определялись первоочередные задачи, формировался профессиональный коллектив сотрудников.
Для обеспечения эффективной системы управления Университет в 2004 году разработал, сертифицировал и внедрил систему менеджмента качества согласно международному стандарту ИСО 9000. В 2014 году университет повторно прошел ресертификацию и получил сертификат соответствия требованиям ИСО 9001:2011.
Сертификат ИСО 9001-2011, как гарант качества и стабильности, оказал положительное влияние на формирование общественного мнения о положении предприятия на рынке продукции, и как следствие, увеличил количество заказов и обращений. Так же он стал гарантом для наших потребителей - студентов, родителей, работодателей, партнеров по бизнесу, инвестиционных компаний и др.