В ноябре 1929 года состоялся Пленум ЦК ВКП (б), на котором было отмечено, что «темпы подготовки новых кадров не идут ни в какое сравнение с темпами переустройства сельского хозяйства» и принято решение о разработке пятилетнего плана подготовки специалистов, строительстве новых учебных заведений и перестройке сети действующих вузов страны. В соответствии с приказом по Наркомату земледелия СССР №232 1 сентября 1930 года на базе факультета овцеводства Московского зоотехнического института был открыт Московский институт овцеводства.
Первый директором был назначен Виктор Викторович Виктор (1930-1934 гг.).
В целях приближения созданного вуза к производственной базе, в соответствии с постановлением Совета Народных Комиссаров от 28 февраля 1932 года, институт был переведен в Ставрополь-на-Кавказе. Выбор южного региона не случаен: являясь крупнейшей базой отечественного овцеводства, Ставрополье давало стране около 40% тонкорунной шерсти.
С мая того же года в Ставрополь стали прибывать преподаватели и студенты, и к октябрю 1932 года все они, а также вспомогательный персонал были на новом месте.
Разместившийся в здании бывшего Епархиального училища, расположенного на углу улицы Невинномысской (ныне Мира) и переулка Митрофановского (ныне Зоотехнического), вуз стал именоваться Союзным учебным институтом овцеводства учебно-научно-производственного комбината. В состав комбината были включены овцеводческий техникум, рабоче-крестьянский факультет, учебное хозяйство «Лесные ключи» и овцесовхоз №10.
Однако в качестве института овцеводства наш вуз просуществовал недолго. В этот период в стране ликвидировали малые, так называемые «карликовые» вузы, их объединяли в более крупные учебные центры. Постановлением Совета Народных Комиссаров в 1933 году к институту присоединили Северо-Кавказский институт свиноводства (г. Краснодар) и отделение мясо-молочного скотоводства Таганрогского сельскохозяйственного института. Вуз переименовали в Северо-Кавказский зоотехнический институт.
В году вузом был осуществлен первый выпуск зоотехников, среди которых 41 овцевод и 47 свиноводов. В 1934 году институт закончили также 18 специалистов мясомолочного скотоводства.
Директором института в 1934-1937 годах был Ян Янович Вирс. До революции он начал обучаться в одном из учебных заведений Риги, стажировался в качестве садовода к Тульской губернии и незадолго до начала Первой мировой воины учился на Бильдерлингскофских постоянных курсах садоводства, огородничества, технической переработки плодов и овощей, земледелия и пчеловодства. Оказавшись в бурном водовороте последовавших затем революционных потрясений, Я.Я. Вирс уже не мог целиком посвятить себя учебе. В начале двадцатых годов он был начальником снабжения водной милиции Северо-Западной области, затем возглавил эту организацию. Свое образование в качестве вольнослушателя Ленинградского ветеринарно-зоотехнического института ему удалось продолжить лишь в 1923 году, будучи заместителем директора Государственного института опытной агрономии (ныне Российский государственный аграрный университет - МСХА имени К.А. Тимирязева). В 1930—1933 годах он возглавляй Всесоюзный научно-исследовательский институт овощного хозяйства. Таким образом, к моменту приезда в Ставрополь он был уже опытный руководитель.
В 1937 году директором Северо-Кавказского зоотехнического института стал Алексей Иванович Михалин, также имевший большой жизненный и административный опыт. Бывший слесарь Тульского оружейною завода, через несколько лет после революции он стал председателем крестьянского товарищества сельскохозяйственной кооперации и городе Пловске Московской области. Окончив Московский зооветеринарный институт, Алексей Иванович в 1934-1937 годах был директором совхоза «Хабдинский» Актюбинской области. Но и для этого опытного руководителя пребывание на посту директора вуза было недолгим.
Уже в следующем, в 1938 году институт возглавил Герасим Хрисанфович Алафинов, руководивший им вплоть до начала Великой Отечественной войны.
В 1939 году, в связи с открытием ветеринарною факультета, вуз стал именоваться Ворошиловским зооветеринарным институтом (Ставрополь с 1935 по 1943 годы назывался Ворошиловском).
