В конце сентября 2013 г. Ставропольский государственный аграрный университет прошел процедуру ресертификации, по результатам которой был получен новый сертификат соответствия системы экологического менеджмента Университета требованиям российского стандарта ИСО 14001-2007 (ИСО 14001:2004) «Системы экологического менеджмента. Требования и руководство по применению».
Впервые Университет получил экологический сертификат соответствия в 2010 году, но и сегодня наличие сертифицированной системы экологического менеджмента является единичной практикой образовательных учреждений Северо-Кавказского федерального округа.
Экологический сертификат означает, что в Университете все виды деятельности корректируются с учетом принципов энергосбережения и рационального природопользования − это обеспечивает безопасность среды, в которой осуществляются ключевые процессы Университета.